The R-fMRI Course

 

 

The R-fMRI Course V3.0 English Version

(Mostly recorded at the R-fMRI Workshop, July 30~31, 2019)

1. Resting-State fMRI: Current Research, Methodological Issues and Computational Platform             

2. Resting-State fMRI: Applications to Brain Disorders             

3. The REST-meta-MDD Project: towards a Neuroimaging Biomarker of Major Depressive Disorder             

4. Data Processing of Resting-State fMRI: DPARSF             

5. The R-fMRI Maps Project             

6. Surface-Based Brain Imaging Analysis and DPABISurf            

7. DPABI Animal Data Processing            

8. Temporal Dynamic Analysis            

9. DPABI: Quality Control, Statistical Analysis and Results Viewing            

10. DPABISurf: A Surface-Based Resting-State fMRI Data Analysis Toolbox            

11. Output structure of DPARSF            

12. Output structure of DPABISurf            

13. Verification of Reproducibility of R-fMRI Metrics and Reproducible Network Underpinnings of Rumination            

14. DPABI: Utilities            

15. DPABISurf Advanced: More about FreeSurfer            

 

 

The R-fMRI Course V3.0 中文版

(录制于2019年7月20~22日"第五届DPABI/DPARSF特训营与DPABISurf加强营")

一、静息态功能磁共振成像原理与数据分析                 

二、REST-meta-MDD抑郁症脑成像大数据项目介绍                 

三、静息态功能磁共振成像在心理学和脑疾病的应用                 

四、静息态功能磁共振成像数据处理原理与DPARSF使用                 

五、基于皮层的脑成像数据分析与DPABISurf                 

六、R-fMRI质量控制与The R-fMRI Maps Project                 

七、DPABI动物数据处理                 

八、R-fMRI动态性分析                 

九、统计分析、多重比较校正与结果显示                 

十、DPABISurf数据处理                 

十一、DPARSF输出文件夹与计算结果概述               

十二、DPABISurf输出文件夹与计算结果概述               

十三、R-fMRI可重复性及多重比较校正选择                     

十四、DPABI Utilities介绍                     

十五、DPABISurf进阶                     

十六、DPABISurf Pipeline演示                

十七、DPABI统计演示                

十八、DPABI_VIEW演示                

十九、DPABISurf_VIEW演示               

二十、MATLAB编程在脑成像数据处理中的应用                

 

 

 

静息态功能磁共振数据处理教程V2.3

(录制于2018年8月4~6日"第二届DPABI/DPARSF与静息态功能磁共振成像技术特训营")

一、静息态功能磁共振成像原理与数据分析                 

二、静息态功能磁共振成像在心理学和脑疾病的应用                 

三、静息态功能磁共振成像数据处理原理与DPARSF使用                 

四、R-fMRI质量控制与The R-fMRI Maps Project                 

五、DPABI动物数据处理                 

六、DPABI小鼠数据分析                 

七、R-fMRI动态性分析                 

八、统计分析、多重比较校正与结果显示                 

九、DPARSF输出文件夹与计算结果概述               

十、R-fMRI可重复性及多重比较校正选择                     

十一、DPABI Utilities介绍                     

十二、MATLAB编程在脑成像数据处理中的应用                

 

静息态功能磁共振数据处理教程V2.2

(录制于2017年12月13~19日"第二届人脑连接组神经影像研讨班暨脑成像数据分析与论文撰写特训营")

一、静息态功能磁共振的基本概念、常用计算方法及其在脑疾病中的应用                

二、静息态功能磁共振数据处理原理与DPARSF使用                 

三、The R-fMRI Maps Project及质量控制介绍                

四、DPABI动物数据处理                

五、R-fMRI动态性分析                

六、统计分析、多重比较校正与结果显示                

七、DPABI Utilities介绍                

八、R-fMRI可重复性及多重比较校正选择              

九、DPABI小鼠数据分析              

十、DPARSF输出文件夹与计算结果概述                

 

静息态功能磁共振数据处理教程V2.1

(录制于2016年12月15~21日"人脑连接组神经影像研讨班暨脑成像数据分析与论文撰写特训营")

一、静息态功能磁共振的基本概念、常用计算方法及其在心理学和脑疾病中的应用                 

二、静息态功能磁共振数据处理原理与DPARSF使用                 

三、静息态功能磁共振数据整理、质量控制与DPABI使用                 

四、统计分析、多重比较校正与结果显示                 

五、DPARSF输出文件夹与计算结果概述                

 

抑郁症静息态功能磁共振多中心数据荟萃分析(REST-meta-MDD)数据标准化处理培训教程

(录制于2017年5月13日"抑郁症静息态功能磁共振多中心数据荟萃分析(REST-meta-MDD)数据标准化处理培训会议")

一、REST-meta-MDD计划介绍                 

二、R-fMRI基础知识与常用计算方法                 

三、R-fMRI在神经精神疾病中的应用                 

四、DPARSFA数据处理                 

五、REST-meta-MDD数据整理、质量控制、标准化预处理与上传                 

六、统计分析、多重比较校正与结果显示                 

七、DPABI Utilities介绍                 

 

静息态功能磁共振数据处理教程V2.0

(录制于2015年11月12日中国科学院心理研究所磁共振成像研究中心“静息态功能磁共振基本概念、计算方法与数据处理”培训)

一、静息态功能磁共振的基本概念、常用计算方法及其在心理学和脑疾病中的应用                 

二、静息态功能磁共振数据处理原理与DPARSF使用                 

三、静息态功能磁共振数据质量控制、统计分析与DPABI使用                 

 

 

 

------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------

静息态功能磁共振数据处理教程自2009年7月15日发布以来,在过去的6年间,课程持续更新,并被访问11万余次。

上述为V2.0版本。V1.0版本包含了其他更多的信息,如下所示。

------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------

 


静息态功能磁共振数据处理视频教程适用于REST,SPM和DPARSF的新使用者,也有助于理解一些静息态fMRI的基本概念。
一、静息态功能磁共振数据处理视频教程 (第一部分,中文版) (对应的PowerPoint pps 文件) Release 100820
1. 使用REST DICOM Sorter整理原始数据。
2. 使用SPM对数据进行预处理。
3. 使用REST对数据进行去线性趋势、滤波等操作,以及使用REST进行Functional Connectivity (FC),Regional Homogeneity (ReHo),Amplitude of Low-Frequency Fluctuation (ALFF)和Fractional ALFF (fALFF)计算。
4. 使用DPARSF进行批处理分析(从DICOM数据到预处理,再到FC,ReHo,ALFF,fALFF结果)。
5. 使用REST和DPARSF去除协变量,提取感兴趣区(ROI)或AAL脑区的时间序列。

强烈建议新使用者下载本视频教程,可以帮助避免很多数据处理过程中的不必要错误。

                                                                                                      下载:视频教程:第一部分,中文版   PowerPoint pps

二、静息态功能磁共振数据处理视频教程 (第二部分,中文版) (对应的PowerPoint pps 文件) Release 100820
1. 使用SPM和REST进行统计分析。
2. 使用REST Slice Viewer查看结果,设定cluster size,制作ROI mask,保存图片用于发表。
3. 多重比较校正:Monte Carlo模拟与Bonferroni、FDR、FWE校正的区别,以及REST AlphaSim的使用。
4. REST Image Calculator的使用。
5. 其他功能:.nii数据的转换,REST读写接口的使用。

                                                                                                      下载:视频教程:第二部分,中文版   PowerPoint pps

三、静息态功能磁共振数据处理视频教程 (第三部分,中文版) (对应的PowerPoint ppt 文件) Release 130425
1. DPARSF V2.2 Advanced Edition中的不同数据处理顺序。
2. DPARSF V2.2 Advanced Edition新功能介绍。
3. DPARSF V2.2 Advanced Edition的各模板参数。

旧版本(Release 101219):(第三部分,中文版) (对应的PowerPoint pps 文件)

                                                                                                      下载:视频教程:第三部分,中文版   PowerPoint ppt


四、静息态功能磁共振基本概念、计算方法及其在脑疾病中的应用视频 (中文版) (对 应的PowerPoint pps 文件) Release 100506
1. 静息态功能磁共振数据处理教程的总体介绍。
2. 静息态功能磁共振的基本概念。
3. 静息态功能磁共振的常用计算方法。
4. 静息态功能磁共振在脑疾病中的应用。
NOTE: 该视频除总体介绍部分外,其余基于臧玉峰老师的报告PPT(少许增改)讲解,概念以臧老师的报告为准,推荐下载臧老师报告视频。本部分于重庆医科大学附属第一医院神经内科录制,特此感谢王学峰教授的邀请以及方维东、胡以达的大力帮助!

                                                                                                      下 载:总概视频 中文版   PowerPoint pps

五、Photoshop与EndNote使用视频 (中文版) Release 100824
1. 使用REST进行统计。
2. 使用REST Slice Viewer截图。
3. 使用Photoshop对图片进行加工。
4. 使用EndNote检索和管理文献,在Word写作中插入文献并修改文献列表格式。

                                                                                                      下 载:Photoshop与EndNote使用视频 中文版

六、SCI论文写作——我的经验教训视频 (中文版) (对 应的PowerPoint pps 文件) Release 100824
本视频是受广东省中医院总院刘波主任之邀,介绍了本人在SCI论文写作中的一些经验和教训。这些经验和教训不一定正确,也许对大家有些参考价值。视频中以处女作PLoS ONE文章和第二篇Cerebral Cortex文章为例,介绍了在文章选题、实验设计、数据处理、论文写作(Title / Abstract / Introduction / Methods / Results / Discussion / Conclusion / References)以及按审稿人意见修改等方面的经验。希望对大家有所帮助!

                                                                                                      下 载:SCI论文写作——我的经验教训视频视频 中文版   PowerPoint pps

七、Caret的简单使用视频 (中文版) Release 110410
1. 本视频是关于如何将fMRI的统计结果映射到皮层表面进行显示的简要介绍。
2. 请到Caret网站下载Caret主程序(注意最新版与中文windows不太兼容,需要在控制面板->区域和语言选项->高级->非Unicode程序语言 选择英文,故亦可下载早前版本)和CARET_TUTORIAL_SEPT06.zip
3. 下载视频中提到的两个设置文件:Yan_fMRIMapping.sceneYan_fMRIMapping.spec (或者Caret 5.64兼容版本:Yan_fMRIMapping_Caret564.sceneYan_fMRIMapping_Caret564.spec)并放到CARET_TUTORIAL_SEPT06目录下。
4. 更详细的说明,请参阅Caret网站上的相关文档。

                                                                                                      下 载:Caret的简单使用视频 中文版

 

Forums: