关于viewer里面的GRF和AlphaSim

各位老师好,

    关于viewer,严老师在视频中提到可以使用GRF和AlphaSim的方法对统计的结果进行校正,而且在弹出的窗口中应该选择一个mask文件。

然后问题就来了,按照我的理解该mask应该是前面QC时产生的groupmask,即包含了90%的体素的才放进来做统计分析,不然后面的结果也不知道怎么解释……

而输入这个mask之后就会使得FWHM都为NaN;如果点击estimate smoothness,则会报错,如图“error in estimate smoothness”所示。

这时我注意到该过程是要将T值转为Z值,虽然不是很清楚其中的原理,但是我就换了一个two sample T test 的结果图上去,发现果然可行,唯一的问题就是FWHM仍然都是NaN……

所以这个到底是什么情况?是我理解错了,需要放入的是T值图么?而且T值图也不应该出现Inf(我在打开viewer的时候发现自动生成的Nmax和Pmax都是Inf,这也是个问题)么?

AttachmentSize
Image icon error in estimate smoothness.jpg18.18 KB

检查一下为什么你的T图里会有Inf。应该是这个原因导致的。

严老师好,
前面提到我的T值图中出现了InF,后来一步步往前找,发现在T1像数据分割的时候就有问题了。分割的时候得到的结果里面有smwc1的图像,应该是表示灰质体积。相应的,mwc1则是没有平滑的数据,可以认为是灰质密度。我发现,使用dpabi里面的VBM(见图1,VBM基本上都是按照默认设置的参数),直接输入T1Raw进行分割处理之后就会有问题。理论上来讲,SPM使用一个混合高斯模型对图像进行分割,将T1数据按照TPM对应各种tissue的P值画出来,这就是c1-c6的图像。例如我们要对灰质体积进行分析,我们需要将c1图像配准到MNI空间,因此我们需要对其进行normalize,得到wc1;再进一步,进行modulated,得到的是mwc1,;平滑,即smwc1图像。在分析的时候我们就该使用smwc1图像进行分析。但是我发现,将被试的smwc1图像放到xjview中打开,并用默认的avg152T1作为底层的模板的时候,smwc1会超出模板的颅骨范围,这就导致使用smwc1的数据进行统计分析的时候可能会发现部分灰质体积是在颅骨外边的(尽管我可以在分析的时候卡上一个阈值mask,例如0.1)。对比cat工具箱分割的结果(见图3),其smwp1并不会蔓延到颅骨边上(smw与dpabi中一致,p1表示灰质,对应dpabi中的c1)。然后再退一步,分析二者没有平滑的数据mwc1和mwp1数据,发现mwc1在颅骨边外有部分数值尽管很接近0,但是并非0,例如图4。因此现在猜想,是不是因为dpabi的数据精度比较高,导致部分数值应该置0但只是取了接近0 的数据,然后进一步的平滑就导致了部分数据蔓延到颅骨边上去了?还是说有没有可能是因为normalize一步有问题,即被试的smwc1图像没有配准到MNI空间上(实验室师姐提出的想法,因为在xjview打开smwc1图,底图用该被试的T1Img图像则不会将灰质体积分割到颅骨外边)?另外,在ALFF进行z变换再平滑后,也发现颅骨外有明显数值(图5)。

图1:VBM参数设置

 

图2:xjview中的smwc1图像

图3:xjview打开的cat分割得到的smwp1图像

图4:cat12分割的mwp1和dpabi分割的mwc1图像