DPABI/DPABISurf/DPARSF

第一步一个是做"T1 Coreg to Fun",一个是做"Reorient T1*",第二步在“New Segment+DARTEL”生成的灰质、白质、脑脊液数据文件是相同的吗?

Submitted by lizhe8785 on

严老师,您好!

我在数据预处理中"Nuisance Covariates Regression"去除脑脊液、白质,所以通过"T1 Coreg to Fun"和“New Segment+DARTEL”这一步生成了灰质、白质、脑脊液的文件数据。

后面在做VBM中,通过dpabi默认的步骤"Reorient T1*"和“New Segment+DARTEL”也同样生成了,灰质、白质、脑脊液的数据文件。

请问这里第一步一个是做"T1 Coreg to Fun",一个是做"Reorient T1*",那在“New Segment+DARTEL”生成的灰质、白质、脑脊液数据文件是相同的吗?

谢谢!

Zhe

预处理fMRI图像报错

Submitted by 云中漫步 on
严老师您好:
            我在用最新版本的Dpabi处理官网的DemoProcessData数据时,经常在Segment这一步报错,换了自己的Dcom数据也是这样,我用的版本是Matlab2013b,Matlab2016b,Spm12.都试过了。麻烦老师您了。还有我再问一下,关于ROISignal值,如果是90脑区ALL模板,每个时间点的每一个脑区的的信号值是该脑区所有体素信号值的平均值吗?因为我看过文本,比如,230个时间点的,采用90脑区的模板,最后我发现文本里面的矩阵为230*90,。我理解为它取了每个脑区的信号平均值。

an error occured when using dparsfa

Submitted by lucy on

hello!

professor Yan, when i processed my data with dparsfa based on matlab2013a, spm12, an error always occured.

but i 'm sure that i had used same parameters processed data successfully once a time

just with smooth value change from 4mm to 6mm

here are the infor that shoewed in matlab :

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使用dpabi view进行surface view with BrainNet viewer时错误

Submitted by keke on

按教程我在overlay中添加Yeo2011_17Networks_MNI152_FreeSurferConformed1mm_LiberalMask.nii.gz以及在Load colorbar from MAT中载入Yeo2011_7Networks_Colormap_ForDPABI等文件后,点击surface view with BrainNet viewer按钮,matlab运行框显示错误,我看不到我的图像结果(说明:已事先安装好brainnet viewer):

关于用统计分析模块添加协变量的疑问

Submitted by keke on

尊敬的严博士,我在用统计模块进行两个独立样本T检验时,在添加患者组和对照组后,还添加了Mean FD,性别,年龄,教育年限等协变量,但是我发现在点Run之后,并没有运行协变量,得到结果和我没有添加协变量时是一样的,我怀疑是我编辑的协变量文件不正确。例如我建立一个记事本文件(OCD.txt),假如我有13个被试,我就编辑成13行,4列;每一行从左到右以此是:性别,年龄,教育年限,Mean FD;打开后内容如下:

1 24 16 0.061
1 55 12 0.089
1 18 09 0.107
0 44 15 0.057
0 36 09 0.093
1 38 16 0.109
0 33 11 0.116
0 23 16 0.062
0 29 12 0.054
1 17 11 0.117
1 49 09 0.104
0 27 15 0.127
1 35 12 0.048
(想让老师们帮我看一下,我这个编辑的方式是不是有问题?感谢老师,我爱你们)

关于用统计分析模块分析VMHC结果的疑问

Submitted by keke on

结果如下:DLH 0.091699 voxels^-3 before correcting for temporal DOF

 

FWHMx = 3.744741 voxels

FWHMy = 3.687451 voxels

FWHMz = 3.645997 voxels

FWHMx = 11.234224 mm

FWHMy = 11.062353 mm

FWHMz = 10.937990 mm

DLH = 0.092841

VOLUME = 174972

RESELS = 50.345928

尊敬的严博士,关于这些结果我不是很明白,我想了解一下上面这些结果分别表示什么意思?感谢亲爱的严博士

为什么我的mask图像是方形,完全不是头颅的形状

Submitted by keke on
为什么我的面具图像是方形,完全不是头颅的形状
我检查过,在我进行质量控制模块时,我的T1Img,FunImg,以及标准化后图像都是正常的,但是我的面具文件里的图像都特别奇怪,完全不是形似头颅,而是方块形的的,求老师们给我一些建议,可能是哪里出问题了,还有就是我不知道这个论坛,怎么发图片信息?

How to add covariates in Mixed Effect Analysis?

Submitted by megan on

Dear Dr. Yan,

I encountered a problem while doing Mixed Effect Analysis. I wanted to add covariates (age, gender and handness). But the problem is that the covariates are the same for both condition 1 and condition 2.

I added as

group1_cov.txt

group1_cov.txt

group2_cov.txt

group2_cov.txt

Then Dpabi ran for hours and gave weired results. I also tried to name the covariates differently but it didn't work either. I wonder what is the proper way to add covariates in Mixed Effect Analysis. 

Thank you!

Best Regards,

Mengjiao