关于linear detrend

Submitted by insular on
老师，您好。
我最近在用Rest处理一批静息态数据，其中的linear detrend这一项我有一些疑问。
我记得以前用普通方法做的时候，linear detrend要用到在relign时生成的参数文件。
为什么rest的linear detrend没有提示要选择参考什么文件？
而是默认的，我要把那个文件与我的图像放在一起？


谢谢

用REST做的linear detrend，采用的是MATLAB自带的detrend的函数，去掉的是数据的线性趋势（比如由于机器温度上升等引起的噪声）。
用REST去协变量的时候，要用到在realign时生成的头动参数文件，这一步REST需要手动选择文件，而DPARSF是自动识别的。

“通常在进行线性相关功能连接的同时，去除协变量”

而进行线性相关功能连接的数据一般都已经detrend和滤波好了，
也就是说，虽然放在哪一步没有严格的要求，但是通常的做法是放在detrend和滤波之后吧？

老师，您好。我看了你们录得教学视频，学到不少东西。在做功能连接去除协变量的那张PPT里，列出了若干个协变量：
1.全脑均值
2.白质信号
3.脑脊液信号
4.relignment生成的rp_*.txt头动参数

教学视频提到全脑均值现在又很大的争议，它会导致负连接。
那么去除.白质信号和脑脊液信号不会导致负连接吗？
是不是只有去全脑均值属于global signal regression？
除了去全脑均值，还有没有其他什么步骤属于global signal regression
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另外老师提到去不去协变量没有一个统一的标准。那么在什么情况下适合去除这些协变量？哪些情况下不适合？

比如说：
1.我用functional localiser的方法定义了10多个ROIs,然后让它们互相做功能连接，并不涉及脑的其他区域，因此，去除白质信号和脑脊液信号是不是很没有必要？
2.用某个seed做voxel-vised 功能连接，涉及全脑的所有区域，因此，去除白质信号和脑脊液信号就很有必要？


"去除白质信号和脑脊液信号不会导致负连接吗"，具体的研究我没太注意，理论上是有可能的，但目前来看，去除global trend肯定会引起负相关。但反过来，负相关，未必是去除这些协变量所致。

“是不是只有去全脑均值属于global signal regression？”准确地说，是去除全脑的平均时间序列。“全脑均值”这个词，容易误解，因为3D脑有一个全脑均值，4D脑也有一个全脑均值。

“除了去全脑均值，还有没有其他什么步骤属于global signal regression”，“去除全脑平均时间序列”与“global signal regression”是一个意思。

至于什么情况下去协变量，你提到的两个例子，都会受到全脑平均时间序列、白质、脑脊液、以及头动的影响，脑脊液容易受到呼吸心跳的影响，去除脑脊液相当于在某种程度上减小了呼吸心跳的影响。到底是否应该去除，并不是一个非常清楚的问题。只是大家一般都会这么做而已。

谢谢老师，今天我在用rest除去协变量时，出现了warning

warning:Matrix is close to singular or badly scaled
Results may be inaccurate.

我上网查了下，是目前的算法不能求逆，矩阵奇异。
导致结果不准确

不知道对数据结果影响大不大，还是可以直接忽略这个warning?>


之前看你问的是detrend的问题，没注意这里是说去协变量。不好意思。

在去协变量和detrend的时候，都会做回归，所以都会用到矩阵的逆。 去协变量的时候，并没用detrend函数，它求矩阵的逆的时候用的是inv这个函数，改成pinv或许能解决这个问题。

insular

Sun, 09/05/2010 - 04:39

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thanks  rest里面去协变量调用的是matlab里的哪个函数呢？函数名叫什么

这里是我们自己写的函数，你在fc的函数中可以看到。

分别是Brain1D_RegressOutCovariables和Brain4D_RegressOutCovariables.
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